FNE Bourgogne Franche-Comté est la représentante en région de FNE. Elle a pour objet la protection de la nature et de l’environnement, dans la perspective humaniste d’une société supportable et solidaire.
Elle est au service des associations qu’elle fédère : des fédérations départementales comme Jura Nature Environnement (JNE), FNE 70, FNE Doubs, FNE Territoire de Belfort (FNE90), CAPEN 71, CAPREN (21), qui elles-mêmes fédèrent plus de 200 associations sur le plan local, ainsi que des associations régionales (Commission de Protection des Eaux, du Patrimoine, de Environnement, du Sous-sol et des Chiroptères, Vergers vivants, Patrimoine et environnement, l’Association pour la Prévention de la Pollution Atmosphérique) … Elle accueille également des adhérents individuels.