Association agréée par le Ministère chargé de l'environnement, Atmo Bourgogne-Franche-Comté constitue à la fois un référent et un pôle d'expertise dans le domaine de la qualité de l'air en Bourgogne-Franche-Comté. Association régie par la loi 1901, elle se voit confier les missions d'intérêt général de surveillance et d'information sur l'environnement atmosphérique de la région.